予言者育成学園Fortune Tellers Academyのプレイ開始。
アルカナに喰われて死ぬ予言者の夢を見た。
夢から醒めると、そこは入学式の講堂で、右手にはさっきの夢の中でも持っていた懐中時計を持っている。
老学園長が、大預言者エドガンの占星術中の事故によってセフィロトの門が消失してから2年たち、世界の人口が当時の1割を下回ったと話している。
人類の9割以上が、異界の暗殺者＝異界セフィロトとの境界線から、こちらの世界に迷い込んできた大量のアルカナ、に殺されたのだ。アルカナは、人類の目には見えないため、まったく対抗しようがなかった。
3ヶ月前に、人類はようやくアルカナへの対抗手段を得た。アルカナ同士ならば、互いを攻撃し合うこが可能だと判明したのだ。
この世界では、予言者だけが、アルカナを使役し従わせることができる。
学園の卒業生である予言者たちが、敵性アルカナと熾烈な戦いを繰り広げ、ついに敵性アルカナの数が減少傾向に転じたのだ。
そこで、予言者の緊急増員が計画され、予言者育成学園「フォーチュン・テラーズ・アカデミー（ＦＴＡ）」への入学条件が大幅に緩和され、今までは、一部の貴族階級の人間しか入学できなかったＦＴＡに、14～18歳までの健康な少年少女なら、志願者は誰でも入学できることになった。
主人公は、ＦＴＡがあるミシアレシア魔法国にすむ貧しい家柄の子供で、希望を持って入学してきた。
入学手続きを済ませると、ケイトリン先生から、学園生活について説明してもらう。
登校すると、毎日、本日のプリントが1枚配布され、そこには3つの課題が載っており、それおぞれをクリアすると報酬がもらえる。
それと予言者としての能力を伸ばす予言者テストに挑戦する。
召喚で、ホーミィ Ｃ、ピンゴ Ｃ、ゴンドラ Ｂをゲット。
バトルで、ヴィスナ Ｃ、ポッチェリカ Ｃ、マイ Ｃ、アイセ Ｃ、リリエ Ｃ、ブランシェ Ｃ、エリーゼ Ｃ、サリム Ｂ、マーレイ Ｃをゲット。
称号：10アルカナ兵長、中庭の掃除屋、新米ハンター、はじめての的中、予知トモをゲット！
ソール、ブランシェ、フーコがＣ→Ｂに進化。
入学式の数日後、自室の机の上にメモが置かれていた。
メモには、すぐに新校舎2階の一番奥の教室に来ることと書かれている。
指定された教室に入ると、少年がおり、レンヤと名乗る。
レンヤもメモで呼び出されたとのこと。
その後、メモで呼び出された男子1名（脳筋系）と女子2名（ロリと金髪）もやってくる。
教室の机の上にあるたくわんちゃん人形を調べると、ミスリサ部へようこそ！と書かれている。
しかし、ここに来た全員は、ミスリサ部を含めどこのクラブにも入部届けを出さなかったことが判明。ということは、ここは、クラブに入らない生徒が無理やり入れられる部らしい。
ここに集められたメンバーたちは、今から他の部に入ると言って、教室を出ようとし始めると、「ようこそ、ミステリーリサーチ部へ」と、たくわんちゃん人形から声が聞こえてきた。
たくわんちゃん人形は、立ち上がって、「入部テストを用意したら、ロッカーの中にある写真を見て、男性のかけるべき言葉を見つけ出してください」と、話して元の姿勢に戻った。
レンヤは、人形じゃなくて、マンドラゴラだと解説してくれる。
マンドラゴラは、植物の根っこのモンスターで、知能は低いが九官鳥よりは言葉を覚えさせやすいとのこと。
入部テストを前に逃げ出したと言われたくないので、テストをクリアした上で他の部へ行くと金髪が言って、ロッカーを開け、結局5人とも残って入部テストを受けることになった。
金髪はリンリ、脳筋はテオ、ロリはココだと名乗る。
ロッカーの中には3枚の写真があった。
一番古そうな写真には、泣いている7、8歳くらいの女の子を慰める母親の姿が写っており、裏には14年前の春の日付と、ドロシーとキティの文字が書かれている。
ドロシーとキティは、この母娘の名前らしい。
春の日のピクニックのようだが、なぜか女の子は泣いている。
ココが、空に風船が小さく写っていることに気付き、風船が飛んでいったら泣いていると言い出す。
2枚目の写真の裏には、8年前の春の日付が書かれており、写真の中央には、一人の女性がハンカチで涙を拭いている。
写真の女性が小さな花を持っていることに、リンリが気付く。
リンリ、テオ、主人公は17歳、レンヤは16歳、ココは14歳。
リンリは、少女は1枚目のときは8歳、2枚目のときは14歳だと言い出す。
2枚目の写真にはＦＴＡが遠くに写っている。つまり、14歳になった少女がＦＴＡに入学して、別れを悲しんでいる母親だと。
3枚目の写真は、激しい手ブレで地面が傾き、写真の右下一帯には、大きな黄色いシミのような光が広がっている。
レンヤは、黄色のシミは、カメラを落として壊れてしまった時に感光したあとだと言い出す。
写っているのは時計台で、2時15分を指している。
時計台の手前には、黒い服の女性がこちらに背を向けて立っている。
そして、写真の裏の日付は2年前で、運命の日と書かれている。
それを見た全員は、この日が、聖フレイシア大聖堂広場の悲劇の日で、その場所であることに気付く。
レンヤが悲劇の翌日の新聞が見たいと言い出したので、テオが図書館までひとっ走りしてみてくると言って走り出す。
レンヤは、この時計台は、聖フレイシア大聖堂の広場を挟んだ向かいにあるヴァレイ時計台だと教えてくれる。
テオが戻ってきた。
聖フレイシア大聖堂の悲劇とは、2年前、一番最初にアルカナによる大虐殺が起こった事件のことだ。
大聖堂のステンドグラスが破れ、そこから大量のアルカナがこの世界に押し寄せ、その場にいた4千人もの人々が瞬く間に食い殺され、生存者は5名だけ。
発生時刻とされる14時13分は、写真に写る時計台が指す時刻とほぼ同じだった。
レンヤが、3枚の写真は、同じように画面の右上がぼけていることから、同じカメラで撮られたものと考えられるので、撮影者も同じ人物だろうと推理する。
ココが、言葉をかける相手の男性は、これらの写真の撮影者、つまり女の子の父親だろうと推理する。
新聞には、生存者5名は全員女性と書かれていることから、撮影者は亡くなっていると考えられる。
レンヤは、女性が黒い服を着ていることから、喪服を着て身内を弔う葬列に来てたのでは？と推理する。
女の子は写真の日付から20歳になったと考えられるが、写真の女性が娘か母親のどちらかはわからない。
テオが、わかったと言って、みんなに耳打ちをする。
3枚目の写真の筆跡が、1枚目と2枚目とは違っており、5人を呼び出したメモの筆跡と同じだと気付く。
5人は、「安心してください、あなたのお嬢さんは生きています」と声を張り上げる。
すると部屋の扉が開き、ケイトリン先生が現れた。
レンヤは、「写真の構図から、撮影者の父親のほうが大聖堂の近くにいたため、娘よりも先にアルカナの襲われて死亡した可能性が高い。父親は、最期の瞬間に、娘だけはどうか生き延びてほしいと考えたはず。だから、父親に、娘の無事を伝える言葉をかけた。」と答える。
テオは、入学式のときに、きれいな先生の後ろ姿に見とれていたので、見間違えるわけない、と答える。
主人公も、3枚目の写真の筆跡が、呼び出しメモの筆跡と同じだから、書いたのは学園内の人間だ、と答える。
リンリは、キティは、ケイト、キャサリン系の愛称だから、ケイトリン先生のことですね、答える。
ケイトリン先生は、自分のことを話し始める。
父親も予言者で、その影響もあり自分もＦＴＡに入学したこと。
卒業後、母親の葬列に参加するために訪れた聖フレイシア大聖堂で、悲劇にあったこと。
父親はアルカナの犠牲になったが、自分は時計台に駆け込んで生き残った5人のうちの一人であること。
アルカナの襲来は、大予言者エドガンの占星術中の事故によって起きたもので、世界中の誰にも予知することが出来ないできことだった。
しかし、父親は、自分の死が近いことを予見しており、後になって遺書が見つかった。
そこには、「ケイトリン、ＦＴＡにミステリーリサーチ部を復活させなさい」と書かれていた。
そして、ケイトリン先生は、その遺書が挟まれてたひどく時代がかった予言書を見せてくれるが、見たこともない文字で書かれており、虫食いで穴だらけで、ページもかなり抜けている。
ケイトリン先生は、たぶん、父親は、ミステリーリサーチ部を復活させ、部員とともに、この予言書を読み解けと、言っている、と話す。
みんなの推理を聞いているうちにケイトリン先生は、この世界の非常時に集まった生徒たちの能力を結集すれば、きっと大きな謎が解け、世界を危機から救うことになると、父親は予知していたと、話す。
ケイトリン先生は5人に向って頭を下げ、ミスリサ部を復活させるために、力を貸してほしいと、頼んでくる。
テオは、ケイトリン先生がミスリサ部の顧問であることを確認すると、「入部します」と宣言する。
リンリが、先輩がいないことをケイトリン先生に確認すると、20年前に廃部になったから、ケイトリン先生が生徒の時代にも部はなく、当然先輩もいないとの返事だった。
それを聞いたリンリは、1年生でも部長になれると言って、「入部します」と宣言する。
ココは、たくわんちゃん人形の正体についてケイトリン先生に尋ねると。タンポポの精霊でタンポラゴラとの返事だった。
ココは、謎解きはドキドキして楽しかったと言って、「入部する」と宣言する。
主人公も、特に入部したい部もないので入部すると宣言。
一人だけ不機嫌そうなレンヤは、学校のルールに従うつもりはないから、どこの部に入りたくないと言い出す。
ケイトリン先生は、自分はレンヤの事情を知っているから、望まない部へ無理やり入れられてしまう前に、隠れ蓑のつもりでミスリサ部へ入ってしまう、っていうのはどうか？と提案すると、レンヤは観念して入部することになった。
突然ケントリン先生が泣きだし、テオが声をかけると、ケイトリン先生は微笑みながら、みんなにあんな謎を出したが、本当は自分にも正しい答えはわからない。死んでしまった人間が、最期に何を考えていたなんてわかるはずない、と言い出す。
父親を置いて逃げ、生き延びたケイトリン先生は、父親は娘に見捨てられてしまったと絶望しながら最期のときを迎えたかもしれないと思うことがあり、苦しくてたまらないと話す。
それを聞いた主人公は、1枚目の写真で、ケイトリン先生が頭につけていた花について尋ねると、タンポポとのこと。風船を飛ばして泣いているケイトリン先生を慰めるために母親が手渡したとのこと。
続いて2枚目の写真で、母親が手に持っている花について尋ねると、ケイトリン先生はそのことは知らなかったと言って、写真を眺め、タンポポのようだと答える。たぶん、泣いている母親を慰めるために父親が手渡したものらしい。
それを聞いた主人公は、どうしてタンポポなのかを尋ねると、ケイトリン先生は、我が家には泣いている人にタンポポを渡す習慣があったと答える。タンポポは悲しみを遠くに運び、笑顔を咲かせてくれる花だと父親がよく言っていたとのこと。
すべての答えを聞いた主人公は、やっぱり自分たちの答えは正しかったと言い出し、父親は先生に見捨てられたなんて思っておらず、どうか生き延びてほしいと思っていると断言して、ケイトリン先生にその理由を説明する。
それは、3枚目の写真のシミは、カメラが感光した跡だと思っていたが、本当はタンポポだった。父親はアルカナに襲われて地面に倒れたとき、足元にタンポポを見つけたので、最期にタンポポとケイトリン先生は1枚の写真に収めようとしたのだ。この花が、ケイトリン先生のこの先の人生から、悲しみを遠くに運びますように、笑顔を咲かせてくれますように、と。
こうして、ミスリサ部は新しい歴史をつづり始めた。
称号：新生ミスリサ部員をゲット！
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