真・女神転生IV FINALのプレイ開始！
主人公のナナシは、ハンター見習いのため、先輩ハンターが悪魔と戦っているというのに、同じく見習いハンターのアサヒと留守番をしている。
ＴＶを見ると、東京の救世主フリンと、天使と悪魔の首領の最終決戦が近づいているため、フリンに協力するよう報道している。
先輩のニッカリとマナブが、周辺の悪魔を片付けて戻ってきたので、ナナシとアサヒは遺物の回収を頼まれる。
地上に出て遺物を回収していると、壊れたスマホをゲット（スマホは悪魔召喚し、戦わせることができる道具で、ハンターには必須）。
アサヒは、ニッカリを呼びに行くが、ニッカリは手が離せないため、代わりにマナブを連れて戻ってくる。
マナブはスマホを見て、マップナビは使えるようだが、壊れており悪魔召喚できないと判断する。
元自衛隊員のニッカリは、15歳になったばかりのアサヒとナナシに、昔話を聞かせる。
25年前、突如世界各地で悪魔が出現するようになり、世界は核の炎に包まれた。
核は世界中に落とされたが、少年が東京の守護旬タイラ・マサカドを召喚し、マサカドが東京を覆う岩盤となり核から東京を守ったため、東京は奇跡的に直撃をまぬがれた。
一連の出来事は天使の仕業だと言われており、神の御業戦争と呼ばれるようになった。
東京は核から逃れることが出来たが、岩盤によって、東京の人間は、悪魔とともに閉じ込められてしまったが、神の御業戦争の直前ネット上で流された悪魔召喚プログラムを使い、悪魔を使役し戦力にすることができるようになった。
ニッカリは、東京でもっとも高い塔のスカイタワーを起点に岩盤を掘削し、天上の上に出たが、自分達と違う人間が東のミカド国を作って暮らしており、それを守護する殺戮の天使に襲われ、悪魔を使役して対抗するも惨敗してしまう・・・
東京の人間は、阿修羅会、ガイア教団、人外ハンター商会に分裂したが、東のミカド国から来たフリンによって人外ハンター商会以外は殲滅させられた。
錦糸町へ戻り、援・武器調達をクリア。
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